Zespół jest następcą prawnym jednostki budżetowej, która istniała w latach 1991 - 1997, realizując podobny profil usług medycznych.

Początkowym obszarem działania Zespołu była dzielnica Wola i Bemowo oraz gmina Stare Babice. Wówczas w zasobach Zespołu pozostawało 25 obiektów.

W latach 1997r. - 1998r. wydzielone zostały dwie przychodnie - praktyki lekarzy rodzinnych - jako niepubliczne zakłady opieki zdrowotnej.

W 2001r.  gmina Bemowo przejęła zadania z zakresu ochrony zdrowia i utworzyła z trzech przychodni  Samodzielny Zespół Publicznych Zakładów Lecznictwa Otwartego Warszawa Bemowo.  W tym też czasie gmina Stare Babice przejęła ośrodki zdrowia  w Babicach i w Borzęcinie.

Organem założycielskim Zespołu w latach 1991 - 1998 był Wojewoda Warszawski, w latach 1999-2002 Powiat Warszawski, a od roku 2003 imiasto stołeczne Warszawa.

Z dniem 1.04 2010r dokonano kolejnego przekształcenia Zespołu poprzez przyłączenie dziewięciu jednostek organizacyjnych SPZZOZ Solec. W związku ztym przekształceniem dokonano zmiany nazwy Zespołu na Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej Warszawa Wola - Śródmieście.